究明中です～多分お蔵入りするけど。

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4/1追記：やっぱりよく分かりませんでした。消え方からして、サーバーエラー的な何かではなく、単純にファイルが全部削除されていたという事だけは確か。
まぁ、もう復旧したことだし、原因はどうでもいいや。